Биллинг для хостинга

Какие файлы и папки модно удалить после установки и тестирования панели?
Так чтобы не в ущерб возможностям обновлений.

А чем они мешают?

в нынешних инсталляциях, корень панели находится в корне виртуалхоста.
я бы рекомендовал сделать как раньше было - сдвинуть корень на уровень-два выше в иерархии файловой системы.

разумеется, руками, аккуратно.

Автоудаление инсталяторов это уже давно правила хорошего тона в скриптописательстве.
Лишние инструменты кал хацкерам давать в руки не нать.