Биллинг для хостинга

Где прописываются периоды и время исполнения задач системы. Как можно их изменить?

нигде =)
а периодичность каких задач, и зачем вам надо изменить?

Дату отправки напоминаний о неоплаченных счетах, например и т.д.

Дополнения → Мастера настройки → Конфигурация → Задачи → Типы → Сборщик мусора → Счета на оплату

Что означает параметр "Дней до отправки уведомления: 5", отсчет идет с 01 числа месяца?

речь о чём? о счетах - тогда от последнего изменения статуса.
т.е. от момента выписки

Да о счетах, кстати напоминание шлет система каждую минуту, где я напортачил?

я откуда знаю? =)
где-то что-то вы меняли - я ж не знаю, а может таск в ошибку падает.

лог планировщика смотрите.

вообще, с просмотра логов надо начинать в любом случае